Confinés – semaine du 27/04/2020

Dimanche 03/05/2020

L’environnement module les interactions entre le virome et le génome humain. Elles dépendent des conditions d’humidité, de transport, de pollution, mais avant tout de la température. L’enveloppe du virus est sensible à la chaleur : le fait d’être exposée pendant le temps de transfert, celui de la contamination, à une chaleur plus importante, pourrait diminuer le nombre et l’agressivité des particules virales. Il faut donc toujours considérer ces trois facteurs : le virus, les vulnérabilités humaines et l’environnement.

« Moins de 5 % de la vague reste à subir »

pour l’instant, on n’assiste à aucune deuxième vague dans aucun pays du monde

Professeur Jean-François Toussaint, Nice-Matin, 02/05/2020

On approche de la fin de ce voyage chaotique. Ce virus est certes nouveau, mais il s’inscrit dans une dynamique classique. Les interactions sont étudiées par les virologues et les épidémiologistes dans le monde et la forme de cette vague n’est pas différente des précédentes. On a assisté à une montée très rapide, en quatre semaines après le début de la phase exponentielle, puis une descente rapide, en 6 semaines. Ce fut la même en Italie et en Espagne – qui ont confiné strictement – ou en Suède, Pays-Bas et Allemagne, qui n’ont pas confiné. L’Allemagne a appliqué une politique d’isolement proportionnée, équivalente à celle de la Corée.

Or les variations du résultat final dépendent des mesures de distanciation initiales et des gestes barrière (mettre un masque, se tenir à plus de deux mètres) et non du confinement, d’autant qu’il arrive le plus souvent trop tard au regard de la phase de circulation initiale, qui démarre en décembre ou janvier hors de Chine.

Professeur Jean-François Toussaint, Nice-Matin, 02/05/2020

Vous remettez en cause le choix du confinement ?
Une publication de Thomas A.J. Meunier (1) ce matin sur MedRxiv (prononcez « Med arkaïve » à l’anglaise, ndlr) confirme que le confinement ne joue pas sur la contagiosité de la maladie. Elle a sa propre dynamique. Si on resynchronise les courbes des pays, c’est la même chose. Le confinement ne change rien à la dangerosité du virus ni à sa propagation. En Europe, la moyenne des taux de mortalité établie pour les Pays-Bas, la Suède et l’Allemagne est la même que celle des autres pays : 100 décès par million d’habitants d’un côté, 101 de l’autre, indépendamment de la politique choisie.

En Italie ce n’est toujours pas terminé…
Les taux de décès en Italie et en Espagne sont montés 30 et 50 % plus haut qu’en France. La montagne grimpée en mars, doit être redescendue. Il faut un peu plus de temps, mais ces pays ont franchi 85 % du parcours et l’achèveront avec une à deux semaines de décalage. Je précise que ce constat repose sur l’analyse des données réelles et non sur des simulations.

Professeur Jean-François Toussaint, Nice-Matin, 02/05/2020

Il aurait donc fallu adapter notre conduite dès que l’écart avec les simulations devenait apparent mais cela n’a pas été fait.

Professeur Jean-François Toussaint, Nice-Matin, 02/05/2020

Combien de temps faut-il pour que cette pandémie s’éteigne ?

Dans le monde, les pays d’Amérique du Sud sont à surveiller de très près. Si le virus s’y maintient pendant l’hiver austral, il pourrait enclencher un cycle saisonnier. En France, le virus circule de moins en moins. Le discours du Premier ministre annonçait mardi le seuil des 1000 contaminations par jour pour le déconfinement. Le pays s’y trouve trois jours après. Là encore nos décisions doivent être adaptées à la réalité des chiffres validés. Si le virus arrête de circuler, faut-il continuer à agir comme si nous étions au début de l’épidémie ?

Professeur Jean-François Toussaint, Nice-Matin, 02/05/2020

Jeudi 30/04/2020

L’épidémie laisse des pans entiers du pays tranquille. La bête s’obstine sur quelques territoires et ne semble pas avoir l’intention d’en sortir. Dix départements concentrent la moitié des décès : Paris, Val-de-Marne, Hauts-de-Seine, Seine-Saint-Denis, Haut-Rhin, Moselle, Val-d’Oise, Bas-Rhin, Rhône et Seine-et-Marne. À l’inverse, seize départements comptent moins de dix morts cumulés depuis le début de l’épidémie.

(..) Cette étrange diffusion en tache d’huile semble une constante, quelles que soient les mesures prises. On la retrouve en Espagne, où Madrid et la Catalogne concentrent 60 % des décès, en Italie, avec 70 % des décès recensés en Lombardie et dans l’Émilie-Romagne. Mais aussi en Suède et aux Pays-Bas, qui n’ont pourtant pas procédé à un confinement généralisé. La région Zuid-Nederland compte par exemple 490 morts du Covid-19 par million d’habitants, contre 200 pour la région Oost-Nederland, où se situe pourtant Amsterdam.

« Ce qui est étonnant, c’est non seulement cette concentration de l’épidémie mais aussi le fait que cela ne bouge pas dans le temps », remarque Olivier Bouba-Olga, professeur en aménagement de l’espace et urbanisme à l’Université de Poitiers, qui cartographie l’évolution de l’épidémie depuis ses débuts.

Rétrospectivement, les études mettent en évidence deux moteurs principaux dans cette dynamique étonnante : le rôle fondateur des « super-spreading events », que l’on pourrait traduire par évènements super-contaminants, d’une part, et la transmission nosocomiale aux personnels soignants, d’autre part.

Les évènements super-contaminants jouent à nouveau un rôle-clé dans l’actuelle épidémie. On pense bien sûr au rassemblement évangélique de Mulhouse, où plus d’un millier de fidèles ont été infectés, dont une infirmière qui aurait ensuite elle-même contaminé 250 collègues soignants des hôpitaux universitaires de Strasbourg. En Italie, le match de foot FC Valence contre Atalanta, surnommé le « match zéro » par la presse, est considéré comme l’élément déclencheur de l’épidémie nationale : quelque 40 000 supporters y étaient réunis. Outre-Rhin, le « Wuhan allemand » serait cette fois un carnaval à Gangelt, près de la frontière hollandaise. Dans ces rassemblements très denses, où les personnes chantent, crient et s’animent les unes à côté des autres, la contamination via les sécrétions respiratoires est au maximum. C’est à partir de ces « accidents historiques » que s’auto-amplifie ensuite l’épidémie.

Ce phénomène d’auto-amplification aurait une explication biologique : de plus en plus de publications indiquent que, comme bon nombre d’autres pathogènes respiratoires, plus on est exposé à une forte dose infectieuse, plus on développerait des symptômes graves et plus on serait ensuite soi-même contaminant pendant une plus longue période. « Cette donnée virologique classique expliquerait également pourquoi le taux de létalité peut passer du simple au double selon que l’on se situe en dehors ou à l’intérieur d’un cluster et pourquoi l’âge moyen des cas en réanimation diminue au fur et à mesure de la constitution d’un cluster », spécule le docteur Yvon Le Flohic.

En effet, chez les personnes âgées ou fragiles, peu importe la dose, le virus parvient toujours à trouver sa route jusqu’aux cellules pour s’y répliquer. Mais chez les personnes plus jeunes, le système immunitaire parviendrait d’autant plus facilement à neutraliser les virus qu’ils sont en faible nombre. En outre, il n’est pas exclu qu’une exposition répétée au virus puisse, chez certains individus, entraîner un mécanisme immunitaire pernicieux connu sous le nom de facilitation de l’infection par les anticorps. Dans ce cas, les anticorps n’empêchent pas l’infection, au contraire : ils facilitent l’entrée du virus dans les cellules, amplifiant ainsi son effet morbide. Ce phénomène a été observé in vitro avec le virus du Sras. Il est également bien connu dans le cas d’une seconde infection par le virus de la dengue. Mais pour ce qui est du SARS-Cov-2, il ne s’agit pour l’heure que d’une hypothèse.

Cette notion de dose infectieuse pourrait également expliquer pourquoi la plupart des contaminations se produisent lors d’interactions sociales prolongées en milieu clos. Après avoir analysé quelque 7 324 cas positifs au SARS-Cov-2, situés en dehors du foyer initial de la province de Hubei, des chercheurs chinois ont ainsi découvert que toutes les contaminations ont eu lieu en intérieur, essentiellement dans les appartements. Toutes, à l’exception d’une seule.

« La transmission du SARS-Cov-2 est un phénomène intérieur », concluent les auteurs, soulignant au passage que nos vies modernes se déroulent précisément à l’intérieur… Ce qui, au passage, pourrait représenter un effet pervers du confinement pour tous ceux qui habitent dans des logements exigus. « Et une ironie douloureuse pour ceux qui sont invités à rester chez eux alors qu’ils sont davantage en extérieur, comme dans certaines villes africaines », note Michael Neuman du Centre de réflexion sur l’action et les savoirs humanitaires (CRASH) de Médecins sans frontières.

(..) Mais ce n’est pas tout : plusieurs publications indiquent que des microgouttelettes pourraient rester en suspension dans l’air, entraînant une contagion par voie aérienne durant plusieurs heures. Ces microgouttelettes pourraient s’accumuler dans les espaces clos, par exemple dans les toilettes des hôpitaux, et même s’infiltrer dans les systèmes d’aération. « Nous devons tenir compte du fait que toutes les expositions au coronavirus peuvent ne pas être identiques », plaident Joshua Rabinowitz, directeur d’un laboratoire de chimie et de génomique à l’Université de Princeton, et Caroline Bartman, en postdoctorat. Pour ces deux chercheurs, il faudrait « davantage se concentrer sur la prévention des infections à forte dose ».

Une fois l’étincelle produite, l’épidémie se déploierait donc essentiellement d’un lieu clos à un autre : appartements, métro, prisons, maisons de retraite ou encore… hôpitaux, le deuxième moteur de l’épidémie de SARS-Cov-1 identifié a posteriori par les épidémiologistes, après les super-spreading events. Selon l’Organisation mondiale de la santé (OMS), les soignants ont en effet représenté 20 % de l’ensemble des cas de Sras recensés durant l’épidémie de 2002-2003. Or, il se pourrait que l’on soit dans la même situation avec le SARS-Cov-2.

Régions épargnées: pourquoi le virus y circule peu

Les soignants sont clairement parmi les principales victimes de cette épidémie. Mais pourraient-ils également en être les principaux vecteurs ? En Italie, des médecins avaient pointé dès le mois de mars, dans une tribune publiée dans le New England Medecine Journal, le fait que l’hôpital puisse représenter un important vecteur de la maladie. Mais les arguments scientifiques manquent encore pour affirmer ou infirmer cette hypothèse. Après avoir épluché les données de tous les départements français pour tenter de trouver des facteurs explicatifs aux différents taux d’hospitalisation, de mortalité et de surmortalité liés au Covid-19, des chercheurs du laboratoire EconomiX du CNRS ont remarqué que le nombre de services d’urgence exerce une influence négative. « La structure et l’état du système de santé permet d’atténuer les effets de la maladie », interprète Nadine Levratto, directrice de recherche et co-auteure de l’étude, pour qui les soignants sont trop minoritaires parmi la population pour que leur éventuel rôle de vecteur apparaisse de manière significative sur les chiffres de l’épidémie. En revanche, les auteurs ont repéré d’autres facteurs susceptibles d’influencer la diffusion particulière de l’épidémie. À commencer par une forte influence du voisinage.

Les départements qui présentent des taux d’hospitalisation, de mortalité et de surmortalité élevés ont logiquement tendance à se trouver à proximité de départements présentant des taux similaires. Néanmoins, certaines caractéristiques propres à chaque département les rendraient plus ou moins vulnérables. « Un département voisin d’un territoire à forte prévalence de la maladie aura un risque d’autant plus grand d’être touché à son tour qu’il présente une forte densité démographique, des inégalités de revenus et une part importante d’ouvriers dans sa population, dont les possibilités de télétravail sont moindres », résume Nadine Levratto.

Autre facteur mis en avant par certaines recherches : la pollution de l’air ou plus précisément le taux de particules en suspension. En France, en Italie ou en Espagne, les zones les plus touchées sont aussi celles dont le taux de particules fines dans l’air est le plus élevé. Simple conséquence des zones urbanisées ou véritable lien de causalité ? Plusieurs études pointent la capacité des virus à « s’accrocher » aux particules polluantes et ainsi, survivre plus longtemps dans l’air et circuler au gré des vents. Autre hypothèse : la pollution de l’air aggraverait les symptômes du Covid-19 en fragilisant en amont les muqueuses du nez, de la gorge et les alvéoles des poumons. « Une augmentation d’à peine 1 μg/m3 des particules en suspension dites PM2,5  [2,5 microns de diamètre – ndlr] est associée à une augmentation de 15 % du taux de létalité du Covid-19 », affirment ainsi des chercheurs de l’école Harvard T.H. Chan de la santé publique, à Boston, dans une prépublication en attente de validation.

Espaces confinés, densité démographique, hôpitaux, métro, population ouvrière, pollution… On comprend mieux pourquoi ce coronavirus préfère les villes à la campagne. Mais une question demeure : pourquoi les virus de la grippe n’ont quant à eux aucune préférence géographique ? Pourquoi déferlent-ils aveuglément, de manière synchrone et homogène, sur l’ensemble du territoire lors des épidémies hivernales, alors qu’ils sont censés être deux fois moins contagieux que l’actuel SARS-Cov-2 ? Eux aussi connaissent une relation dose-effet susceptible de former des clusters. Ils peuvent également être aéroportés, s’aider des polluants atmosphériques. Tout cela a aussi été démontré pour les virus grippaux.

« L’une des clés pourrait résider dans le rôle des personnes asymptomatiques, celles qui portent le virus mais ne présentent aucun symptôme, envisage Antoine Flahault, épidémiologiste, directeur de l’Institut de santé globale de l’Université de Genève. Dans le cas de la grippe, plus de la moitié des personnes infectées ne déclarent aucun symptôme mais sont tout de même contagieuses. Elles permettent une diffusion préalable et silencieuse du virus au sein de l’ensemble de la population, avant le démarrage visible de l’épidémie. C’est ce qui explique que tous les pays d’Europe de l’Ouest passent au rouge au même moment. Dans le cas du Covid-19, c’était le Boléro de Ravel : chaque pays faisait son entrée de manière successive. » Pour ce spécialiste de la grippe, c’est un argument fort en faveur de l’hypothèse d’une absence d’ensemencement préalable par les asymptomatiques.

« Dans de nombreuses études sur le Covid-19, les asymptomatiques étaient en fait pré-symptomatiques : des personnes qui ont déclenché quelques jours plus tard les symptômes. Or, lorsqu’on reste asymptomatique, on est possiblement contagieux quelques jours : étant en bonne santé, on n’a pas de raison particulière de prendre des précautions, on risque donc de contaminer beaucoup de monde. Les pré-symptomatiques vont être contagieux 24 heures ou 48 heures avant de développer des symptômes et le plus souvent, ils s’auto-confineront ensuite : le nombre de contacts sera alors plus limité. »

L’ensemble de ces hypothèses mérite donc encore d’être validée. Mais une chose est sûre : nous n’utilisons pas les bons modèles pour prédire l’évolution de cette épidémie. « La majorité des modèles utilisés pour Covid-19 sont recyclés de la grippe, avec comme hypothèse centrale la panmixie, c’est-à-dire la transmission de manière aléatoire et homogène du virus dans la population. Ces modèles fonctionnent à l’intérieur des clusters, mais ils risquent d’être tout à fait inopérants pour le reste du territoire », prévient Antoine Flahault.

Ils auraient donc tendance à surestimer l’impact de l’épidémie dans les pays où les zones de clusters ne regroupent qu’une petite partie de la population. Mais attention, avertit l’épidémiologiste : « Il n’est pas impossible que l’on bascule vers un mode épidémique de type grippal dans quelques mois si on laisse nos cas symptomatiques diffuser dans la nature. Ils procéderaient alors à l’ensemencement général de la population et, lorsque le frein estival sera levé (si frein il y a), une épidémie massive pourrait se déclencher, comme cela s’est produit pour la deuxième vague de la pandémie grippale de 1968-1970. » D’où l’importance de tester le plus de symptomatiques possibles, tracer leurs contacts et isoler quelques jours les porteurs de virus, souligne le chercheur. Faute de quoi, le virus des villes pourrait également devenir un virus des champs.

Les virus de la grippe, eux, n’ont aucune préférence géographique

Mercredi 29/04/2020

Évolutions des décès par million habitants en France

On peut maintenant affirmer sans grand risque de se tromper que les décès journaliers covid19 sont en claire décroissance en France. Le maximum a été le 04/04/2020, le jour où les chiffres des décès non-hospitaliers (essentiellement Ehpad) ont été ajoutés aux statistiques journalières. Un grand chaos dans les chiffres journaliers a suivi pendant environ 12 jours avec de grandes variations d’un jour à l’autre. Depuis cinq jours on est en plus en dessous des 8 décès par million d’habitants et par jour, chiffre qui commençait à constituer un plafond graphique pour les morts hospitalières à la fin de la phase de croissance. J’ai tracé la droite de corrélation pour la phase de décroissance. Son R2 est encore relativement faible à R2=0,3333 à cause essentiellement de la période de transition chaotique avec grandes variations journalières.

Comparaison France – Suède

Sur le graphique précédent j’ai ajouté les points de données de la Suède sans changer les échelles. Les derniers points de données sont marqués en jaune et avec un S rouge pour la Suède et un F rouge pour la France. La Suède, malgré son manque de confinement obligatoire, se débrouille un peu mieux que la France. En termes de décès totaux par million d’habitants, la Suède est à 64% du niveau français.

Un effet silver lining inattendu

En ce début de saison, les butineuses rapportent le nectar des fleurs de pissenlit, d’aubépine et des arbres fruitiers. Le tout dans un calme exceptionnel, auquel ni elles, ni l’apiculteur n’étaient habitués. L’activité forestière est suspendue, les tronçonneuses des bûcherons sont muettes, les promeneurs et les touristes sont confinés chez eux. Il n’y a plus de circulation d’aucune sorte, ni sur les sentiers, ni sur les pistes cyclables.

L’agriculture, elle aussi, tourne au ralenti. Les paysans n’ont pas encore fauché les prairies comme les autres années, les traitements agricoles sont moins nombreux. Tout est calme et moins pollué, les abeilles peuvent butiner sans être dérangées. Deuxième raison, et non des moindres, la météo favorable, se réjouit l’apiculteur : »L’an dernier, on avait un printemps long et froid, des pluies et du gel, puis il a fait trop chaud très vite et il y a eu la sécheresse. Cette année on a du soleil, de bonnes températures… Si on avait un tout petit peu plus de pluie, ce serait idéal. » 

Apiculteur depuis 20 ans, Pierre Stephan témoigne : “Mes abeilles n’ont jamais produit autant de miel”

Mardi 28/04/2020

Il a l’assurance de celui qui connait bien les limites entre ce qu’il sait et ce qu’il ne sait pas. Son affirmation qui m’a le plus étonné est qu’il n’y aura pas de seconde vague. A-t-il pris en compte le fait que les échanges internationaux sont bien plus importants qu’avant? Je croyais que depuis la grippe espagnole l’on avait documenté le retour d’épidémies après un passage par l’hémisphère sud lors de son hiver austral. Il est rassurant, mais semble isolé dans son rejet de deuxième vague possible (voir ci-dessous). il faut être prudent et continuer à porter un masque en public, ce qui semble être le geste individuel de prévention le plus efficace.

Lundi 27/04/2020